В связи с получением от покупателя акта о расхождениях следует составить корректировочный счет-фактуру, на основании которого ранее начисленный НДС со стоимости товара, фактически не поставленного, продавец может предъявить к вычету (п. 13 ст. 171, п. 10 ст. 172 НК РФ). Смотрите также письма Минфина России...